Assim como a Farmácia Clínica, a Farmácia Hospitalar passa por um momento de transição, em que o farmacêutico não atua somente na dispensação de medicamentos, mas também tem papéis relacionados à assistência ao usuário. Na maioria dos hospitais no Brasil, as farmácias ainda não possuem, em larga escala, recursos tecnológicos de dispensação automatizada de medicamentos, programas computacionais de atualização de informações sobre medicamentos e de educação continuada a distância para os profissionais. Atualmente, a Farmácia Hospitalar apresenta-se como um espaço próprio, no final de uma cadeia de assistência à saúde, cujo objetivo em comum é resgatar a saúde das pessoas, mas, na prática, nem todas as farmácias hospitalares tem uma estrutura que favorece a comunicação direta do farmacêutico com os usuários. A Farmácia Clínica é a área dirigida ao cuidado do paciente, que visa à promoção, proteção e recuperação da saúde e prevenção de agravos decorrentes do uso inadequado de medicamentos.